ARHEOLOŠKI MUZEJ
Ovaj muzej se smatra jedinstvenim u svojoj vrsti, zato što je predstavnik zbirke zemljanih vaza (ćupova) koje poseduje i koja pokriva period do 6. veka, ogledavajući tako način i tehniku u keramičkom periodu Antičke Grčke. Vrhunski eksponat muzeja smatra se reljef amfora koji reprodukuje scene iz Trojanskog rata. Osim toga u muzeju se nalazi i bogata kolekcija crvenih i crnih oblikovanih ćupova. Vrlo značajan je takodje i reljefni prikaz iz Helenističkog vremena(I – II veka pre Hrista).

FOLKLORNI MUZEJ
Osnovan je 1958. godine od strane profesora V. Kirijazopula i nalazi se u oblasti Kastro, u Mikonos Hori(centru grada). Muzej poseduje zbirku ključeva i brava, raznih ručnih radova, oslikanih tanjira, tradicionalne kikladske skulpture i jedan širok izbor osvetljavajućih uredjaja od stare lampe na ulje do parafin lampe, zbirku oružja kao i zbirku pojedinih odevnih predmeta iz 19. veka.

EGEJSKI POMORSKI MUZEJ
Ovaj muzej je osnovao M. Drakopulo. Poseduje modele obalskih, brodova za plovidbu morem, drevnih antičkih, srednjevekovnih brodova i dosta savremenih brodova na jedra, vesla i brodova na paru. Postoji takodje i zbirka oslikanog, izgraviranog i antičkog kovanog novca sa pomorskim prikazima.